Una de las consignas que tienen los organizadores del Dakar es respetar el medio ambiente. Por eso, en la preparación del recorrido se tuvo especial cuidado en la preservación de ciertos sitios considerados como "frágiles". Para asegurar la coherencia del trazado, fue necesaria una estrecha colaboración entre los equipos del rally y los servicios relativos a las cuestiones de medio ambiente pertenecientes a las autoridades argentinas y chilenas.

De los primeros proyectos de recorrido hasta el trazado detallado y definitivo de las etapas, los organizadores del Dakar tuvieron intercambios regulares con las asociaciones que representan a las poblaciones indígenas, los institutos encargados de la prevención de sitios arqueológicos, o las agencias gubernamentales responsables del medio ambiente.

En las distintas hojas de ruta enviadas, dichas instancias pudieron formular observaciones, aportar enmiendas. Luego de estas fases de trabajo, las entidades validaron el recorrido del Dakar 2009, en condiciones de colaboración que nunca habían sido experimentadas en la organización de un rally.

El cuidado del medio ambiente también estará presente en los campamentos, donde habrá más de 2.000 personas. Para lejar estos lugares limpios, se realiza un trabajo de recolección de los desechos que comienza cuando los competidores retoman la pista. El Dakar se comprometió a recolectar cada día todos los desechos, éstos serán evacuados por las municipalidades hacia los vertederos, donde se permitirá garantizar el tratamiento de la basura en las mejores condiciones. Para los desechos considerados como nocivos (en los cambios de aceite, baterías, etc.), se recurrió a empresas especializadas.